Институт является научно-исследовательским комплексом, входит в состав Отделения общей биологии НАН Украины и является базовой организацией Океанологического центра НАН Украины. В структуру Института входят: Одесский филиал, Опытное производство ИнБЮМ, аквариум-музей, лаборатории, научно-вспомогательные подразделения, а также 13 научно-исследовательских отделов. В целом в ИнБЮМ НАН Украины, включая его отделение и другие подразделения, работают 343 человека, в т.ч. 3 академика и 2 чл.-корр. НАН Украины, 16 докторов наук, 84 кандидата наук. Основные направления исследований ИнБЮМ НАН Украины: * Изучение механизмов адаптации, трансформации и эволюции морских систем в условиях климатических изменений и антропогенного воздействия * Решение гидробиологических и биотехнических проблем интегрированного управления прибрежными зонами с целью рационального использования природных ресурсов, экологической реабилитации устойчивого развития. * Создание методов и технологий оперативного контроля экологического состояния биоты, оценка и прогноз качества морской среды наравне экологического риска в зонах активного мореиспользования. * Исследование биологического разнообразия Черноморско-Азовского бассейна и разработка эффективных мероприятий для его сохранения. Сегодня Институт, являясь ведущим научным учреждением по вопросам сохранения морской окружающей среды, устойчивого развития и биоразнообразия, разрабатывает актуальнейшие проблемы мировой науки по созданию новых технологий охраны окружающей среды и воспроизводства биологических ресурсов. Институт является Операционным центром Международного института океана в Украине (МИО), главным офисом Международного Союза по Экоэтике.